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Le modèle mathématique fait mention de classification de couples d'acides aminés, basés sur l'orientation d'angles de direction tridimensionnelle, alors je crois qu'il serait important d'essayer de donner une idée de visualisation de ce que pourrait être un angle de direction issue d'un couple d'acides aminés.
Dans un premier temps, je crois qu'il est important de se souvenir de 4 points.
( Points développés en se référant à un modèle moléculaire)
I - Que la distance entre les 2 groupements radicaux des 2 acides aminés ( partie en vert de la liste des acides aminés voir les points 4.3.1 et 4.3.2 ) vont toujours être au maximum d'éloignement
l'un par rapport à l'autre, donc supposément toujours à la même place dans l'espace l'un par rapport à l'autre dû aux axes de rotation.
II - Qu'il ne serait pas question d'angle entre deux acides aminés au niveau de la liaison peptidique car pas de rotation permise. Il n'y aurait pas de mouvement directionnel entre les deux acides aminés dû au caractère partiel de double liaisons entre les deux aci- des aminés.
III - Que l'orientation angulaire est donné par l'acide aminé même. C'est l'acide aminé qui détermine la direction ( dû aux axes de rotation ) c'est pour cela que dans le couple, il faut neutraliser la direction donnée par le premier acide aminé selon un plan déterminé et regarder quelle orientation directionnelle tridimensionnelle le deuxième acide aminé va nous donner.
IV- Que l'orientation tridimensionnelle est donnée par le deuxième acide aminé formant le couple, ou si l'on veut par le dernier acide aminé ajouté lors de la fabrication de la protéine.( les autres acides aminés étant supposément déjà stabilisés entre eux en ce qui concerne les directions émises par chacun d'entre eux ).
Pour le moment ces déductions relèvent de l'hypothèse qu'engendre la théorie, dont je ne veux que survoler tout en faisant remarquer la nouvelle approche que la théorie impose vis-à-vis la constitution des protéines à partir des acides aminés.
5.1.3 - Neutralisation de l'angle de direction du premier acide aminé selon un plan de visualisation et détermination de l'angle tridimensionnel occasionné par le deuxième acide aminé.
Quand je parle de neutraliser l'angle de direction du premier acide aminé du couple, c'est de ramener de façon perpendiculaire à notre oeil la liaison C-N (lien peptidique ) voir au niveau du schéma 5.1.3a la flèche rouge 1 tout en ayant la boîte de la liaison peptidique tournée et orientée toujours de la même manière selon le plan indiqué par le schéma ( indiqué par le 3 encerclé au niveau du schéma 5.1.3a) ce qui nous assure d'avoir toujours un point de repère identique pour n'importe quels acides aminés, donc de toujours regarder l'angle de direction de la même manière, ainsi que les axes de rotation ϕ et ψ , l'axe de rotation ψ déterminant la direction finale.
