Comme vous avez pu le voir, au cour de cet exercice de la construction de l'ARNm, l'application
du modèle mathématique soulève des questions à répondre du genre :
a - Quels codons choisir afin de s'assurer de la continuité de la division, c'est-à-dire s'assurer de toujours avoir un ou des codons disponibles comme choix ?
b - Quels codons choisir pour assurer le stockage de la forme tridimensionnelle en ayant les acides aminés requis au bon endroit au niveau de la protéine tout en satisfaisant à la continuité de la division ?
c - En troisième lieu quelles valeurs à accorder aux acides aminés et aux bases afin que les codons choisis reflètent le plus possible le code génétique actuel ?
Pour ce qui est des codons à choisir, si on se réfère au code génétique actuel qui assume aux codons des rôles indépendants les uns des autres c'est-à-dire un codon une identité au niveau du choix des acides aminés,(donc pas de relation entre les codons) on n'a pas de continuité dans la lecture des codons comme stipulé dans le modèle mathématique et pas de place non plus pour la logique mathématique de storage d'une forme tridimensionnelle. ( Une forme tridimensionnelle
dépend de plusieurs acides aminés, donc il faut qu'il y est forcément une relation entre acides
aminés, donc entre codons aussi ).
Dans le code génétique actuel, on ne sait pas pourquoi un codon est choisi au détriment des autres
codons qui codent pour le même acide aminé, essayer d'amener une explication dans ce mode de fonctionnement serait assez ardu dû à l'absence d'argument mais que les mathématiques pourrait nous fournir par leur présence dans le milieu.
Le modèle mathématique est basé sur la logique mathématique et le choix du codon sera fonction des exigences de la continuité de la division, fonction du storage de la forme tridimensionnelle, et
fonction du code génétique actuel au niveau des codons déjà recensés c'est le défi à relever.
Pour ce qui est des valeurs à accorder aux acides aminés des essais de rapprochement au niveau du
traçage de la forme tridimensionnelle par le changement des valeurs à accorder aux acides aminés
comparativement à une forme déjà connu comme la ribonucléase devrait assumer ces valeurs.
Je me suis demandé quel lien pourrait exister entre les acides aminés qui fait qu'il est possible de
stocker une forme tridimensionnelle du fait de leur attribuer des valeurs ou si l'on veut du fait que cette forme tridimensionnelle soit fonction des valeurs accordées aux acides aminées. Ce lien qui les uni sera discuté au niveau du prochain chapitre.
Mais pour le moment pour le besoin de se familiariser avec l'utilisation du modèle mathématique
au niveau de l'exemple de construction d'un ARNm des valeurs aléatoires ont été attribuées aux
acides aminés et aux bases et il en a été ainsi dans le choix des codons possibles dicté par les
tables d'ARN pour les codons possibles afin d'atteindre l'acide aminé voulu.
