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Si on accepte le fonctionnement du code génétique actuel codon - Acide aminé sans en approfondir les raisons du pourquoi, cela suppose que l'on accepte les résultats d’observations et d'expérimentations sans autres formes d'explications car ne nous y trompons pas, le tout est basé sur l'observation et l'expérimentation.
Mais voilà, si tout en ayant à l'esprit l'idée de la recherche d'un processus logique pouvant régir un tel fonctionnement on se pose la question, comment un acide aminé et une forme tridimensionnelle ont-ils pu être à la fois emmagasinés ou stockés sous forme d'information au niveau de l'ADN et comment la nature a- t-elle pu s'y prendre ; il y en va tout autrement au niveau de l'interprétation des résultats et des explications.
Pour faire voir l'idée, je reviens au meilleur exemple, c'est-à-dire à l'explication de l'observation d'un cube de sel . On sait que le cube de sel est formé de sodium et de chlore et que de leurs combinaisons résultent la forme cubique. Cette analogie est tout comme celle observée au niveau du concept du choix d’acide aminé et de celle observée au niveau de la forme tridimensionnelle d'une protéine, forme tributaire d'une séquence d'acides aminés spécifiques.
Pour le cube de sel, on connaît et comprend l'organisation logique sous-jacente conduisant à l'élaboration de cette forme cubique , grâce à la découverte du tableau périodique et des ses éléments, découverte permettant d'expliquer ce qui a été observé auparavant de façon empirique, ce qui n'est pas le cas du côté compréhension du fonctionnement du code génétique où on en est, et je le crois fermement , encore au stade des réalisations de niveau empirique. De la compréhension du code génétique actuel n'émane pas l'essence de principes de base (classification numérique des acides aminés ou autre) montrant une organisation logique pouvant être traduit par les mathématiques ou démontrant un infrastructure (processus tiré de l'observation) sujette à une telle organisation.
La compréhension du fonctionnement actuel du code n'est basée que sur l'observation et l'expérimentation, c'est-à-dire, on voit ce qui se passe, mais on n'en connaît pas la raison ou le pourquoi. Par analogie encore une fois, c'est un peu la situation prévalant du côte chimie avant l'avènement du tableau périodique, beaucoup de connaissances sur le sujet, mais toutes ces connaissances étaient établies de façon empirique. Il n'y a pas de mal à cela, c'est le côté normal de l'évolution des connaissances en science mais il ne faut pas en resté à ce stade en ce qui concerne la compréhension du code génétique.
Le pourquoi, c'est la raison mathématique (de ce qui peut être expliqué par les
mathématiques) c'est-à-dire que le pourquoi passe par les mathématiques. Tout système basé ou encadré par, ou issue d'organisation au préalable logique (c'est-à-dire qui possède sa raison mathématique au niveau de son fonctionnement) a de forte chance d'être à son tour logique donc traduisible par les mathématiques (ou si l'on veut possède sa raison mathématique). Les calculs de stœchiométrie¹sont possibles grâce au niveau d'organisation des atomes.
Tous phénomènes ou comportements d'ordre logique observés dans le monde qui nous entoure peut-être exprimés ou expliqués par les mathématiques, la gravitation, l'énergie quantique des atomes, les réactions chimiques etc. Je crois qu'il en est de même pour l'organisation du code génétique.
Maintenant si on se pose la question : comment peut-on exprimer ou traduire mathématiquement le stockage d'un acide aminé ou d'une forme tridimensionnelle au niveau de l'ADN ? Eh bien la théorie développée dans cette ouvrage tentera de répondre à cette question .
