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Comme il a été dit dans " structure et but du chapitre ", le but de ce dernier c'est de démontrer que c'est à partir du modèle mathématique que l'on peut déduire ou envisager la classification des acides aminés ainsi que l'existence et la classification des 400 couples d'acides aminé, donc que ce serait à partir du modèle mathématique que l'on pourrait mettre à jour l'organisation mathématique responsable de ce qui a été observé et répertorié à venir jusqu'à date au niveau du code génétique et sa traduction. Ce que l'onrecherche c'est un organisation mathématique sous-jacente, responsable de ce qui a été observé et répertorié à venir jusqu'à date. Dans le cadre de cette pensée les caractéristiques dynamiques d'un acide aminé et de ses rapports avec les autres acides aminés sont vues sous un nouvel angle, c'est-à-dire sous l'angle :
I -
Permettant la classification des 20 acides aminés.
II –
Sous l'angle de la formation possible des 400 couples d'acides aminés responsable de tous les angles possibles entre acides aminés entrant dans la conformation tridimensionnelle.
Ces 4 caractéristiques vont nous faire voir les nécessités déjà existantes de propriétés, autant du point de vue moléculaire que des relations entre acides aminés, rendant possible la corrélation entre la partie moléculaire et la partie théorique. Ces 4 caractéristiques existantes au niveau des molécules et des relations entre acides aminés sont nécessaires à la théorie afin d'y étayer les déductions imposées par le modèle mathématique concernant l'explication du stockage selon 2 niveaux c'est-à-dire le stockage de l'acide aminé et celui
de la forme tridimensionnelle.
Dû aux 2 liaisons simples permettant la rotation , NH2 - C et C - C d'une molécule d'acide aminé, ( voir schéma 4.1.1 ) on possède un matériel de construction idéal en vue de l'élaboration d'une protéine. La nature n'a pas choisi de finaliser les angles de construction ( angle entre 2 acides aminés ) au niveau des liaisons entre acides aminés ( lien peptidique ) elle a été plus pratique en concevant un seul mode de collage ( lien peptidique ) entre 2 acides aminés et en modelant la molécule d'acide aminé de façon qu'elle puisse engendrer la direction au moyen de ses 2 axes de rotation, dont elle est composée, direction caractérisée et influencée très probablement par l'encombrement stérique venant de leur groupement respectif ( voir liste des acides aminés, au point 4.3.1 section écrite en vert de la molécule ) comme on peut le voir ces axes de rotations sont presque perpendiculaire entre eux, ce qui permet d'atteindre bon nombre de directions selon les 3 dimensions, caractéristique nécessaire dans le but de l'élaboration d'une forme tridimensionnelle futur à partir d'acides aminés.
