Modèle Biomathématique de la Traduction de l'ARNm
&
Biomathématique du Cancer.

Michel Dulac
2005


4 - Numérotation quantitative des Bases de l'ARNm & quantification angulaire des Acides Aminés.

Le fait de se servir d'un modèle mathématique implique nécessairement l'assignation de valeurs numériques aux bases et aux acide aminés. Les valeurs de 1 à 20 seront assignées aux acides aminés. Ces valeurs assignées le seront arbitrairement, car à ce moment-ci de la théorie ce n'est pas l'attribution idéale des valeurs qui est recherchée, mais plutôt dans un premier temps un comportement du système qui puisse simuler la traduction. Pour les bases purines et pyrimidines elles prendront les valeurs d'une combinaisons idéales ( voir au point 8.0 " Le problème de la combinaison idéale" ), mais encore là , ces valeurs assignées le seront arbitrairement. Il se pourrait fortement que les angles entre acides aminés puissent jouer un rôle dans l'attribution des valeurs de 1 à 20, car dû à la forme tridimensionnelle des enzymes qui met en oeuvre une suite de direction selon les 3 axes X , Y , Z pour parvenir à la forme finale, c'est ce qui semble le plus logique à penser dans les circonstances actuelles.


Pour le moment, des valeurs arbitraires seront assignées pour une utilisation primaire du modèle, pour plus tard évoluer vers la mise au point de paramètres ( comme la recherche des véritables valeurs à assigner aux acides aminés découlant d'un deuxième paramètre c'est-à-dire de la valeur des angles entre acides aminés ) vers la mise au point de paramètres dis-je me permettant d'essayer de faire le rapprochement entre la forme tridimensionnelle obtenue à partir du modèle mathématique par l'emploi d'acides aminés quantifiés angulairement et la forme tridimensionnelle déjà connue de protéines. ( Voir le tableau relié au point 5 " Relation entre acides aminés classification possible" le tableau étant intitulé couple/Angle de direction page 1 pour les chiffres de 1 à A< et page 2 pour les chiffres de Q à P ).

5 - Classification des Acides Aminés versus Forme Tridimensionnelle des Protéines.

( Discuté plus en détails au niveau du chapitre VI )

La graduation des acides aminés permet de mettre à jour 2 caractéristiques de classification.

5.1 - L'attribution de chiffres aux acides aminés : Première caractéristique de classification, chiffres qui représenteraient l'identification des acides aminés.

5.2 - La valeur du chiffre accordée à l'acide aminé : Caractéristique issue de la première ; une valeur du chiffre qui serait probablement tributaire du rôle joué par l'acide aminé au niveau des angles en relation avec les autres acides aminés.

De ces deux caractéristiques découleraient une relation directe de stockage de la forme tridimensionnelle de la protéine et de la séquence primaire des acides aminés. Le code génétique actuel ne donne aucune explication en ce qui concerne le stockage de la forme tridimensionnelle des protéines . La conception de facon empirique du code ne permettant pas d'entrevoir une telle situation.

6 - La division : Son interprétation coté traduction de l'ARNm.

Lorsque l'on se demande, comment une opération de division est envisageable au niveau de la traduction, on touche aux deux points suivants :

1- La simulation de la traduction : Il faut tout d'abord que la division envisagé à partir du modèle mathématique simule la traduction. C'est ce qui a été abordé au point 1.0 " parallèle entre la division en mathématique et la traduction de l'ARNm" voir aussi le tableau explicatif affilié au point 1.0

2 - La transposition du concept de la division en procédé d'automatisation au niveau de la traduction de l'ARNm.

La division est un bel outil de travail, à venir jusqu'à maintenant, mais il faut être réaliste, la cellule ne possède pas de cerveau comme les humains, elle n'est pas douée de la faculté de penser. Alors comment un tel concept ( qu' est la division mathématique ) peut-il être envisageable au niveau de la traduction ?

C'est en travaillant avec les séquences portraits 1 et 2 à la base 10, que je me suis rendu compte que le concept d'automatisation de la division était possible.

En me déplaçant sur le dividende lors de la mise au point des séquences portraits 1 et 2 j'obtenais au quotient, l'équivalent du nombre d'unités lues au dividende, équivalent exprimé autrement au niveau du quotient (1111 lu au dividende donnait 4 au quotient et ainsi de suite).C'était comme s'il y avait condensation des unités pour créer la diversité et j'ai tout de suite pensé au soleil où la fusion des atomes d'hydrogène donnait naissance à l'hélium et plus tard aux autres éléments du tableau périodique lors du processus de vieillissement et de mort des étoiles. À partir de cette division, la répétition de l'unité créant la diversité, mais aussi par condensation si j'ose dire des unités au fur et à mesure de la lecture sur le dividende créant leurs équivalents sous une autre forme au niveau du quotient, l'obtention d'une réponse au quotient devenait possible par la simple lecture du dividende assistée des séquences portraits. Par la suite à partir d'un dividende composé de 1 et de 2 je suivis les ins tructions du dividende tout en me déplaçant sur les séquences portraits 1 et 2 dans le but d'obtenir la réponse au quotient et de ce fait remarqué qu'il y avait une forme d'automatisation de la division basée sur la lecture du dividende tout en utilisant les séquences portraits.

Dans un premier temps je me servirai d'un exemple au point 6.1 pour ensuite le faire visualiser au moyen d'un schéma de cheminement au point 6.1.2 .L'exemple donné ici ne tient pas compte des valeurs que peuvent prendre les acides aminés et les bases A , G, C, U, car le tout se passe à la base 10 . Nous verrons par la suite au point 7 intitulé "Division : Application à la base 21" des exemples de ce que représente un tel concept à la base 21.



¹Division manuelle ou automatisée: ''Manuelle'', dans le sens que l'on a qu'à se promener manuellement d'une séquence portrait à une autre pour obtenir le résultat de la division. ''Automatisée'', dans le sens d'une division n'ayant pas besoin du processus de la pensée pour ce faire.






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