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Table des matières


Modèle Biomathématique de la Traduction de l’ARNm&Biomathématique du Cancer.



But de la Théorie

Introduction

  1. Description du Modèle Mathématique
    1. Parallèle entre la division en mathématique et la traduction de l’ARNm.
    2. Le Pourquoi de la Base21
      1. Exemple à la base 21
  2. Le Rôle des Périodiques
    1. Division sans retour et sans fin.
    2. Propriétés particulières du dernier chiffre d’une base.
    3. Création et arrêt d’un Périodique par la répétition d’un même chiffre au dividende.
    4. Notion de chiffres complémentaires et de séquences portraits
      • (Notions élaborées pour les besoins du modèle mathématique)
      1. Liste des Séquences Portraits et des chiffres complémentaires à la base 10
      2. Liste des quotients Portraits à la base 21
        • (Pour tous les chiffres de la base).
      3. Liste des Séquences Portraits à la base 21
        • (Ceux générant tous les chiffres de la base, sauf les chiffres complémentaires)
      4. Liste des séquences portraits et chiffres commplémentaires à la base 21.
      5. Protection de l’intégrité du message codé.
  3. Les Programmes Basics
    1. IBPOLY – A.ba
    2. IBGEN – 21.ba
    3. IBGEN – 20.ba
    4. IBADN – 21.ba
    5. IBADN – 20.ba
    6. IBSEQUEN.ba
    7. IBTAB – CO.ba
    8. IBQUO – PO.ba
  4. Modèle Mathématique et Code Génétique
    • (Nouvelle approche du code et émergence de nouvelles caractéristiques)
    1. Corrélation entre le Modèle Mathématique et le Vivant
    2. Codon: Instruction en 3 étapes
    3. Non spécificité CODON – ACIDE AMINÉ
      • (Dégénérescence du code ???? Questions à se poser)
    4. Numérisation quantitative des BASES de l’ARNm et quantification angulaire des Acides Aminés
    5. Classification des Acides Aminés versus Forme Tridimentionnelle des protéines
      • (Discuté plus en détails au niveau du chapitre VI).
      1. La première caractéristique de classification: Attribution de chiffres aux acides aminés.
      2. La deuxième caractéristique de classification: Valeur du chiffre accordée aux acides aminés.
    6. La division: Son interprétation, côté traduction de l’ARNm.
      1. Exemple de transposition du concept de la division en procédé d’automatisation.
        1. Exemple de cheminement de compréhension en détail étape par étape à la base 10
        2. Schéma de cheminement à la base 10
        3. Schéma de cheminement à la base 21
    7. Pour une bonne optimisation de l’automatisation de la division.
      1. Cas des chiffres complémentaires
        1. Règle de compréhension de l’utilisation du chiffre complémentaire
        2. Application de la règle de compréhension de l’utilisation du chiffre complémentaire.
        3. Cas du passage de la séquence 4 à la séquence 5
        4. Cas du passage de la séquence 5 à la séquence 4
        5. Pour voir plus en détails ce qui se passe au niveau des séquences portraits (voir le tableau 7.1.5a "Visualisation de la règle de compréhension de l’utilisation du chiffre complémentaire.")
        6. Exemple à la base 21 impliquant les chiffres complémentaires.
        7. Représentation sous une autre forme de l’exemple 7.1.6 impliquant les chiffres complémentaire et Fig. 7.1.7a – Application de la règle du chiffre complémentaire à la base 21 (exemple 7.1.6 réutilisé)
        8. Exemple de calcul d’emplacements de chiffres complémentaires.
        9. Tableau d’emplacement des chiffres complémentaires
        10. "En résumé", pour ce qui concerne l’utilisation du chiffre complémentaire.
      2. Les trois sources contribuant à l’optimisation d’une bonne automatisation de la division lors de l’emploi des séquences portraits.
        1. La première source: Se divisant en deux parties.
          1. Celle provenant des propriétés du modèle mathématique à l’origine de l’automatisation des division.
          2. Celle de la mise en place de certains critères favorisant l’automatisation de la division.
          1. Première partie: Propriétés du modèle mathématique à l’origine de l’automatisation.
            1. Les séquences protraits à retenir(les séquences portraits typiques).
            2. L’écart entre chiffres commposant les séquences portraits (leur rôle).
            3. L’effet d’inertie, propriété émergente ressortant des résultats de divisions effetuéws à partir de combinaisons éligibles: résultats d’inertie appliqués comme critère.
          2. Deuxième partie: La mise en place de certains critères favorisant l’automatisation de la division.
            1. La présence du chiffre complémentaire au niveau de la séquence portrait solicitée lors du déroulement de la division manuelle et automatique.
            2. Le choix arrêté sur le chiffre (ou acide aminé)à atteindre ou voulu, à tous les 3 positions.
            3. L’augmentation de l’effet d’inertie recherchée chez les séquences portraits proenant des combinaisons éligibles.
        2. La deuxième source: Provenant la sélection d’une combinaison idéale parmi ceux éligibles. Combinaison idéale relevant des séquences portraits sélectionnées avec lesquelles on fonctionnera.
        3. La troisième source: Celle provenant de la construction d’ARNm. Construction à l’aide des tables d’ARN. Données de construction enrigistrées en se servant de la table de construction d’ARNm situé sur excel, appelée "Table de construction d’ARNm".
      3. Explication plus approfondie des trois sources.
        • (contribuant à l’optimisation d’une bonne automatisation de la division lors de l’emploi des séquences portraits).
        1. La première source: Se divisant en deux parties.
          1. Propriétés du modèle mathématique à l’origine de l’automatisation de la division.
          2. Mise en place de certains critères favorisant l’automatisation de la division
          1. Première partie: Propriétés du modèle mathématique à l’origine de l’automatisation de la division.
            1. Les séquences portraits typiques.
              • Tableau 7.3.1a – "Séquences portraits typiques possible à la base 21".
            2. L’écart entre chiffres et composant les séquences portraits.
              • Tableau 7.3.1b – Ecarts entre les chiffres composant les séquences portraits.
              • Tableau 7.3.1c – Schéma du ribosome, les tenants de la division "Première hypothèse".
              • Tableau 7.3.1d – Schéma du ribosome, les tenants de la division "Deuxième hypothèse".
            3. L’effet d’inertie:Propriété émergente ressortant des résultats de divisions effectuées à partir de combinaison éligibles.
              1. Visualisation mathématique caractérisant "l’effet d’inertie"Au moyen du tableau 7.3.3e "Effect d’inertie: Résistance opposée au mal fonctionnement de la division par séquences portrait.".
              2. Mise en oeuvre de la table des resteD et marge de manoeuvre.
                Tableau 7.3.1f – Table des resteD des séquences portraits (style portrait).
                Tableau 7.3.1g – Table des resteD des séquences portraits (style paysage).
              3. Quotient (division normale) et quotient (division séquences portraits).
              4. Quelques 9 remarques pour une explication plus approdondie du tableau 7.3.1e afin de mieux s’y comprendre.
                1. Dans la partie du haut du tableau. Tableau 7.3.1h – Ce tableau indique la provenance des resteD à la ligne B et C de la table 7.3.1e
                2. Pour la partie du bas du tableau. Tableau 7.3.1i – Exemple de la table d’annexe IIa montrant la provenance des resteD servant à l’élaboration de la table des resteD des séquences portraits au niveau des tableaux 7.3.1f ou 7.3.1g
                3. Pour un même quotient obtenu pour une même position.
                4. Si l’écart entre les deux resteD pour une position donnée.
                5. L’écart acceptable pour avoir un même quotient. Tableau 7.3.1j – Table de construction détaillée d’un ARNm pour un chiffre (ou une base) à la fois, tenant compte de l’inertie.
                6. C’est cette marge de manoeuvre détaillée.
                7. Pour différences négatives entre resteD.
                8. Rôle de la table des resteD des séquences portraits.
                9. Tranche de 20(table de 20).
          2. Deuxième parties: Mise en place de certains critères favorisant l’automatisation de la division
            1. La présence du chiffre complémentaire au niveau de la séquence portrait solicitée.
            2. Le choix arrêté sur le chiffre à atteindre ou voulu, tous les 3 positions au niveau du quotient.
            3. l’augmentation de l’effet d’inertie, recherchée chez les séquences portraits mises à l’essaie.
        2. La deuxième sources: Provenance de la sélection d’une combinaison idéale parmi celles éligibles.
          1. La sélection d’une combinaison idéale
          2. Comportement des combinaisons éligibles au niveau d’un certain nombre de divisions.
          3. Résultats compliés selon 2 critères de classification.
            1. Premier critère de classification: "Compilation du nombre de résultats différents."
            2. Deuxième critère de classification: "compilation du nombre de pic de chiffres différents".
        3. La troisième sources: Celle provenant de la construction d’ARNm à l’ade des tables d’ARN et de la table de construction d’ARNm.
          1. Le rôle de la table d’ARN nous permet d’effectuer 2 tâche:.
            1. La première tâche: Rôle d’élimination de conbinaisons
            2. La deuxième tâche: Rôle de construction de l’ARNm.
            1. Exemple de page constituant une table d’ARN.
            2. Exemple de graphique rattaché à une page de table d’ARN.
            3. Graphique rattaché au bas d’une page de table d’ARN.
            4. Table de construction d’ARNm (Excel)
      4. Division manuelle ou automatisé: Application à la base 21.
      5. Exemple de division à la base 21.
        1. Combinaison utilisée 1 3 U O
        2. Combinaison utilisée 3 9 Q O
        3. Combinaison utilisée 1 3 7 O
        4. Combinaison utilisée 1 Q E U
        5. Combinaison utilisée 1 Q E O
        6. Combinaison utilisée 1 Q E O
        7. Combinaison utilisée 1 Q E O
    8. Le Problème de la combinaison Idéale.
      1. 1ère Etape: Sélection par les séquence portraits typiques.
        1. Tableau des séquences portraits typiques.
        2. Calcul du nombre de combinaisons possibles à partir des dividendes des 8 séquences portraits typiques..
        3. Liste des combinaisons possible à partir des dividendes des 8 séquences portraits typiques.
      2. Étape 2: Sélection à partir des graphiques provenant des tables d’ARN.
        1. Exemple de page provenant d’une table d’ARNm..
        2. Exemple de graphique rattaché à une page de table d’ARNm.
        3. Graphique rattaché au bas de chacune des 20 pages constituant une table d’ARN.
        1. Liste des combinaisons avec au plus 6 chiffres manquants
      3. Étape 3: Sélection à partir du meilleur comportement des combinaisons restantes.
        1. Liste des 10 divisions: (Étape 3: Sélection à partir du meilleur comportement).
        2. Exemple de division effectuée par ordinateur à partir du programme basic IBgen21.BA
        1. Les 2 critères de classification des combinaisons éligibles.
          1. Répétition des résultats de disparité: Division manuelle versus division par ordinateur au niveau des 10 divisions pour les 15 combinaisons.
            1. Tableau des disparités.
          2. Application des 2 critères de classification.
            1. Tableau de classification selon les 2 critères de sélections. .....
            2. Graphique tridimentionnel du classement des 8 premières des 15 combinaisons restantes.
            3. Graphique tridimentionnel du classement des 7 dernières des 15 combinaisons restantes.
      4. Le choix de la combinaison.
        1. Voie possible de classification.
  5. Utilisation et application du Modèle Mathématique Théorique
    1. Son utilisation ( en passant par la description des outils de travail nécessaire à son utilisation )
      1. Les programmes informatiques.
        1. Schémas d'organisation.
      2. A propos des programmes informatiques.
        1. le choix des caractères spéciaux pour la base 21.
        2. But des programmes : construction de l’ARNm pour fin d’analyse.
        3. Droit d’auteur
      3. Opération de division à la base 21 à l’aide de la table de conversion 10 / 21 .
      4. Table de conversion base 10 / 21 .
      5. Table de construction d’ ARNm.
      6. Tableau sur excel de construction d’ ARNm.
    2. Son application : En posant le problème de la construction d’un ARNm.
      1. Explication de la Table d’ ARN.
      2. Exemple de table d’ ARN.
      3. Exemple Factice de construction d’un ARNm à l’ aide des tables d’ ARN à partir d’une combinaison dont les valeurs ont été assignées aux bases A , G , C , U et d’un choix prédéterminé d’acides aminés auxquels ont été assignés aléatoirement des valeurs par le biais de la base 21.
        1. Étapes de construction d’un ARNm.
      4. Conclusion.
        1. Pattern de répartition retrouvé chez les bactéries.
        2. Pattern de répartition retrouvé chez les cellules animales.
        3. Liste des Acides Aminés.
  6. Acides aminés et forme tridimentionnelle versus modèle théorique
    1. Structure et but du chapitre.
    2. Le " Pourquoi ou la raison mathématique "
    3. Acides aminés et forme tridimentionnelle.
      1. Existence de paramètres permettant l’élaboration de la forme tridimentionnelle.
      2. Le repliement des protéines " Question de hasard ? "
    4. Les caractéristiques dynamiques d’un acide aminé.
      1. Aspect mécanique du mouvement interne d’un acide aminé.
        1. Mouvement interne d’un acide aminé.
          • - Schéma : Montrant l’aspect mécanique du mouvement interne d’un acide aminé.
        2. Acide aminé, vu selon une autre perspective.
          • - Schéma : Vue de l’infrastructure d’un acide aminé selon une autre perspective.
      2. Description et caractérisation du lien peptidique entre deux acides aminés.
        • - Schéma : Formation du lien peptidique par élimination d’ une molécule d’eau.
        • - Schéma : Aspect mécanique du mouvement interne de plusieurs acides aninés et caractère partiel de double liaison du lien peptidique.
        • - Schéma : Aspect mécanique du mouvement interne des acides aminés.
      3. Classification des acides aminés.
        • - Liste des 20 acides aminés entrant dans la composition d’une protéine ( première partie ).
        • - Suite de la liste des acides aminés ( deuxième partie ).
    5. Relation entre acides aminés " Classification possible "
      1. Modèle mathématique versus relation entre acides aminés.
        • - Tableau : Couples / Angles de direction ( première partie ).
        • - Tableau : Couples / Angles de direction ( deuxième partie ).
      2. Hypothèse sur la facon de déterminer l’angle d’un couple d’acides aminés.
        1. Possibilités de directions tridimentionnelles déterminées par les deux axes d’un acide aminé.
          • - Schéma : Représentant les possibilités de directions tridimensionnelles déterminées par les 2 axes de rotation d’un acide aminé.
        2. Hypothèse de visualisation de directions d’angle issue d’un couple d’acide aminés.
        3. Neutralisation de l’angle de direction du premier acide aminé et détermination de l’angle tridimentionnel par le deuxième acide aminé.
          • Schéma : Hypothèse de visualisation de direction d’ angle issue d’un couple d’acides aminés.
    6. Forme tridimentionnelle versus modèle mathématique ( Qu’ est-ce que le modèle mathématique nous permet d’ envisager ).
    7. Ce que le code génétique actuel ne peut même pas envisager.
  7. Cas de l’ajout de Poly - A ( cellule animale ) aux ARNm versus, modèle théorique.
    1. Rôle du poly - A : On ne sait plus !
    2. Figure VI a : Maturation d’un ARNm.
    3. Signification du Poly - A : dans le cadre de la théorie présentée dans cet ouvrage.
      1. Signal de fin de phrase.
      2. Mesure de sécurité.
    4. Figure VI b Hypothèse sur le Poly - A assurant l’obtention d’un signal fin de phrase.
  8. Evaluation du nombre d’adénines nécessaires afin d’atteindre l’état Zéro
    • ( L’ évaluation se fait en 3 étapes )
    1. Première et troisième étape : Tableau montrant les brins élaborés et les résultats obtenus.
      1. Graphique : Nombre d’adénines utilisés après coupure versus ajout pour le cas des chiffres de 1 à 20.
    2. Deuxième étape : Entrée des paramètres de calcul, dans l’ordinateur arborant le programme Poly- A.
      1. Fréquence de vérification.
      2. Début de vérification.
      3. Marquage des acides aminés.
    3. Pour l’évaluation du nombre d’adénines nécessaires afin d’atteindre l’état Zéro.
      1. Une fréquence de vérification à tous les 3 quotients a été retenue.
      2. Un début de vérification en position 1 a été retenu.
      3. Un début de marquage en position 1 a été retenu.
    4. Autre situation concernant l’entrée des paramètres.
    5. Résultats des calculs à l’ordinateur : ( voir l’annexe XV )
    6. Conclusion :
      1. Rôles développés et assignés au poly - A.
      2. Poly - U et Opéron tryptophane.
        1. Cas du poly-U situé à la fin de l’ ARNm codant pour l’opéron tryptophane.
        2. Cas du poly - U situé à la fin du LEADER de l’opéron tryptophane.
          1. Base concentration en tryptophane
          2. Haute concentration en tryptophane.
      3. Epilogue de la conclusion.
        1. A propos du poly-A ( poly-U ) versus la théorie actuelle du code génétique.
  9. Cancer , types de dommage, réparation et non réparation
    • ( Introduction et généralité )
    1. Le problème du cancer. ( Point de vue des connaissances actuelles )
      1. Définition du cancer.
      2. Type de cancer.
        1. Carcinome.
        2. Sarcome.
        3. Leucémie.
          1. Leucémie Aigue.
          2. Leucémie chronique.
          • Définition : Leucémie chronique Myéloide (Myélome)
          • Définition : Leucémie chronique Lymphoide (lymphome)
      3. Cancer : La théorie la plus acceptée actuellement.
      4. Agents cancérigènes responsables de dommages causés à l’ ADN .
        1. Agents physiques.
        2. Composés inorganiques.
        3. Composés organiques.
        4. Agents parasiteurs.
      5. Altération de l ’ ADN et Types de dommages.
        1. Altération de l’ ADN ( Type de mécanismes responsables)
        2. Type de dommages:
          1. Une base incorrecte sur un brin.
          2. Bases manquantes.
          3. Modification de bases.
          4. Le bris de un des 2 brins composant l’ ADN .
          5. Le bris des deux brins de l’ ADN.
          6. Cross – linking.
      6. Schématisation des dommages et réparations.
        1. Base incorrecte sur un brin ne pouvant former de liens hydrogène avec la base correspondante sur l’autre brin.
          1. Dommage dû à une erreur de réplication.
          2. Dommage dû à une désamination.
          3. Exemple de désamination :
            • ( transition cytosine -> uracile )
        2. Bases manquantes ( dépurination )
        3. Modification des bases ( dimère de thymines )
          • Types de réparation
          1. Excision.
          2. Photoréactivation.
          3. Postréplication recombinaison.
          4. SOS Repair.
          5. Résumé du point 1.6.3 ; Modification des bases.
        4. Le bris de un des deux brins composant l’ ADN.
        5. Le bris des deux brins de l’ ADN.
        6. Le cross-linking.
          1. Type d’adducteur causant les cross-linking.
            1. Cross-linking Interstrand ( avec adducteur moléculaire ).
            2. Cross-linking Intrastrand ( avec adducteur moléculaire ).
            3. Cross-linking ( avec adducteur protéinique ).
          2. Cross-linking et réparation.
      7. Segmentation de l’ ADN et formation d’ ARNm incomplet.
        1. Dimère de thymines et fragmentation de l’ ADN.
          1. Rencontre de la polymérase III avec un dimère de thymines et hypothèse de formation d` ARNm incomplets ou de type brisé.
          2. Segmentation possible de l’ ADN contenant des dimères de thymines.
            1. Le premier type de segmentation
              • ( Impliqué dans la recombinaison postréplicative)
              • Schéma : Hypothèse de formation d’ARNm incomplets ou de type brisé.
            2. Le deuxième type de segmentation
              • Schéma : Hypothèse de formation d’ARNm incomplets ou de type brisé.
            3. Hypothèse de formation d’ARNm incomplets ou de type brisé.
              1. Conditions nécessaires à la formation d’ARNm incomplets ou de type brisé.
        2. Autres types de dommages et fragmentation de l’ADN
          1. Le bris de un des 2 brins ==> segmentations possibles
          2. Le bris des 2 brins ==> segmentations possibles
          3. Le cross-linking ==> segmentations possibles
          4. Cas de l’anémie de Fanconi
        3. L’ expérience de strasbourg ou la preuve indirecte possible de l’existence dans le cytoplasme de la cellule, d’ ARNm incomplets traduits en protéines par les ribosomes.
          1. Syndrome de Cockayne.
          2. Xeroderma pigmentosum.
        4. Conclusion
  10. Cancer et Biomathématique
    1. Nouvelle approche théorique du cancer.
      1. Le problème du cancer : un non lieu.
      2. Le potentiel de la biomathématique et de la bioinformatique comme outil de travail.
    2. Approche biomathématique du cancer.
      • - Figure 10 .A : Exemple d’ une division déclencheur de périodique.
      1. Hypothèse sur la boucle de procédure déduit à partir du modèle mathématique.
        1. Visualisation à partir du concept de la division.
          • - Figure 10.b : Visualisation à partir du concept de la division.
        2. Visualisation au moyen du concept de la transposition de la division en procédé d’automatisation par le biais des séquences portraits.
          • - Figure 10.c : Visualisation au moyen du procédé d’automatisation.
        3. Comment d’un point de vue hypothétique, le mécanisme d’un périodique peut-être expliqué ou compris au niveau d’une division effectuée au moyen des séquences portraits.
          • - Figure 10.d : Visualisation de la boucle au niveau des séquences portraits.


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